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影響信號強度的因素：質子密度，T1值，T2值，化學位移，液體流動，水分子擴散等。我們可以調整參數，來確定何種因素對于組織信號強度及圖像的對比起決定性作用。
常見參數：
1、射頻脈沖：帶寬（頻率范圍），幅度（強度），何時施加，持續時間；
2、梯度場：施加方向，場強，何時施加，持續時間；
3、信號采集時刻。
 我們把射頻脈沖、梯度場和信號采集時刻等相關各參數的設置及其在時序上的排列稱為MRI的脈沖序列。
 脈沖序列的基本構建：由5個部分構成：射頻脈沖、層面選擇梯度場、相位編碼梯度場（在90度脈沖后，180度脈沖前施加）、頻率編碼梯度場（也叫讀出梯度場，必須在回波產生的過程中施加）、MR信號。
TR：重復時間。MRI的信號很弱，為提高MR的信噪比，要求重復使用同一種脈沖序列，這個重復激發的間隔時間即稱TR。兩個激發脈沖的間隔時間即稱TR。
TE：回波時間，即90°射頻脈沖放射后到采集回波信號之間的時間。
 采集時間（TA acquisition time）：也叫掃描時間，單次激發EPI：幾十毫秒；SE T2WI數十分鐘。二維MRI的采集時間TA=TR*n*NEX （n為NEX=1時TR需要重復的次數）對于沒有回波鏈的序列如SE或GRE，n就是相位編碼的步級數，對于具有回波鏈的序列如FSE或EPI，n為相位編碼的步級數除以ELT。
 三維是容積采集，需要增加層面方向的相位編碼，容積內需要分為幾層則需要進行同樣步級的相位編碼，因此其采集時間TA=TR*n*NEX*S （S為容積范圍的分層數）
 層厚決定因素：層面選擇梯度場強、射頻脈沖的帶寬。在二維圖像中，層厚即被激發層面的厚度。越薄，空間分辨率越高，但信噪比降低。
 層間距：CT：相鄰的兩個層面厚度中心的間距，如層厚=1，層間距=1，則相當于沒有間隔。但是MRI不同：層厚=1，層間距=0.5，則相當于兩層之間0.5cm的組織沒有圖像。受梯度磁場線性、射頻脈沖的頻率特性的影響，實際上會有層間干擾，往往需要一定的層間距。
 矩陣：也就是頻率編碼和相位編碼方向上的像素數目，頻率編碼方向上像素的多少不直接影響圖像采集時間；而相位編碼方向的像素數目決定于相位編碼的步級數，因而數目越大，需要時間越長。
 加權像(weightimage．WI)：為了評判被檢測組織的各種參數，通過調節重復時間TR。回波時間TE，可以得到突出某種組織特征參數的圖像，此圖像稱為加權像。